研究与开发内部控制审计，就是对被审计单位研究与开发内部控制设计与运行的有效性的审查和评价活动，对促使被审计单位加强研究与开发内部控制建设，防范研究与开发风险具有重要意义。企业应当建立对研究与开发内部控制的审计制度，明确审计机构或人员的职责权限，定期或不定期地进行检查。
　　审计依据
　　研究与开发控制审计依据除了国家关于研究与开发管理方面的法律法规，企业制定的研究与开发管理制度及其《企业内部控制手册》有关研究与开发部分的内容外，还应包括国家、行业协会、被审计单位有关审计方面的规范及标准等。
　　审计目标
　　研究与开发内部控制审计目标，就是保证研究与开发内部控制设计和运行的有效性，促使企业预防和控制研究与开发风险。
　　审计内容
　　研究与开发内部控制审计内容，因审计主体、审计要求及其审计方式的不同而不同。采用传统的全面审计方式，研究与开发内部控制审计是审查\评价研究与开发内部控制设计和运行的有效性两个方面，范围包括立项与研究、开发与保护等业务。采用现代以风险为导向审计方式，审计人员应以研究与开发风险为导向，审计已经设计完成的研究与开发内部控制及其相关的管理制度是否有效执行，是否有效控制了研究与开发风险;已经设计有效的研究与开发各控制点的控制措施是否有效实施，是否有效防止了各控制环节的风险;是否根据业务、环境等的变化持续改进研究与开发内部控制等。
　　审计程序
　　(一)调查了解
　　调查了解，就是调查了解研究与开发内部控制设计和运行的基本情况，是对研究与开发内部控制审计实施阶段的首要环节。研究与开发调查这项工作是在内部控制审计总体工作的准备阶段的基础上进行的，涉及具体内容很多，也因单位的不同而不同。对研究与开发内部控制调查了解的方法有文字叙述法、调查表法、流程图法、控制矩阵法等。实际审计工作中，为提高研究与开发内部控制审计效率，调查了解工作应同研究与开发现场测试工作一并进行，不宜为满足调查而走形式。
　　(二)初步评价
　　对研究与开发内部控制初步评价，可通过问题调查表和初步评价表进行反映。研究与开发初步评价可以结合调查了解程序一起进行，也独立进行。
　　(三)风险评估
　　按照风险导向审计理论，审计人员进行研究与开发内部控制审计应当以风险评估为基础，选择拟测试的控制，确定测试所需要收集的证据。研究与开发风险评估，就是识别、分析、评价研究与开发方面的风险。
　　(四)控制测试
　　研究与开发内部控制测试，就是审计人员现场测试研究与开发内部控制设计和运行的有效性。对研究与开发内部控制设计有效性测试时，审计人员应当综合运用询问适当人员、观察经营活动和检查相关文件等程序。对研究与开发内部控制运行有效性测试，审计人员应当综合运用询问适当人员、观察经营活动、检查相关文件以及重新执行控制等程序。事实上，审计实践中，审计人员对研究与开发内部控制设计有效性和运行有效性是一并进行测试的，测试重点是研究与开发关键控制。
　　(五)评价缺陷
　　评价研究与开发控制缺陷，就是对研究与开发内部控制存在的设计和执行有效性方面的缺陷进行分析和评价。对已发现的研究与开发内部控制重大缺陷，审计人员应当及时以书面形式与被审计单位进行沟通，核对测试结果和数据，确认研究与开发内部控制缺陷事实并在缺陷认定底稿上签章。
　　(六)审计评价
　　研究与开发内部控制审计评价研究与开发内部控制是审计工作的一个重要环节。研究与开发内部控制审计评价的方法很多，比较常用的评分法。
　　(七)形成意见
　　研究与开发内部控制审计意见，就是对研究与开发内部控制有效性的审计结论，是被审计单位内部控制审计意见的一部分。这方面的工作是前面研究与开发内部控制审计工作基础上进行的。