甲为国有独资有限公司，拥有被投资单位乙公司和全资子公司丙。其中，2013年8月，甲、丁公司分别以现金200万元和800万元，共同出资成立乙公司，股权比例为20%和80%。2014年9月，经乙公司股东会决议，甲公司将位于A地的土地、房屋对乙公司增资2000万元;丁公司以现金增资2000万元。增资后，双方持股比例为44%和56%。因丙公司上市，经市国资委2014年8月批准，丙公司将位于B地块的土地和房屋不良资产，按账面净值3500万元，无偿划转给甲公司。双方签订了土地、房屋产权转移书据。甲公司计划未来将持有乙公司的股权全部转让给丁公司。对上述交易事项，契税如何缴纳，当地主管税务机关规定契税税率3%。
　　根据契税暂行条例规定，甲、乙公司为契税纳税义务人。
　　甲公司将位于A地的土地、房屋投资于乙公司，股权比例占44%。《财政部、国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》(财税〔2012〕4号)规定，非公司制国有独资企业或国有独资有限责任公司，以其部分资产与他人组建新公司，且该国有独资企业(公司)在新设公司中所占股份超过50%的，对新设公司承受该国有独资企业(公司)的土地、房屋权属，免征契税。由于甲公司持股比例未超过50%，因此，乙公司应交契税=2000×3%=60(万元)。
　　财税〔2012〕4号文件明确，对承受县级以上人民政府或国有资产管理部门按规定进行行政性调整、划转国有土地、房屋权属的单位，免征契税。对同一投资主体内部所属企业之间土地、房屋权属的划转，包括母公司与其全资子公司之间，同一公司所属全资子公司之间，同一自然人与其设立的个人独资企业、一人有限公司之间土地、房屋权属的划转，免征契税。根据国资委文件，甲公司取得丙公司无偿划转的土地、房屋3500万元，且丙为甲的全资子公司，免征契税。
　　甲公司计划未来将持有乙公司的股权全部转让给丁公司，仅说明双方发生股权转让，但土地、房屋权属仍在乙公司名下，未发生权属转移，丁公司无需缴纳契税。财税〔2012〕4号文件明确，在股权(股份)转让过程中，单位、个人承受公司股权(股份)，公司土地、房屋权属不发生转移，不征收契税。