过去由于单一的经营模式，纳税人取得全年一次性奖金的情况多数是发生在一个单位。然而随着时间的推移，一些高技能人才受雇多处的情况已经越来越多。应改进全年一次性奖金的征税方法，由纳税人在自行申报时对不同受雇单位发放的全年一次性奖金进行同类合并“汇算”申报。
　　对于“全年一次性奖金”的个人所得税征管，当前一直沿用国家税务总局《关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发〔2005〕9号，以下简称9号文件)，这一文件的主要内容包括四个方面：一是企事业单位根据全年经济效益和业绩考评情况向雇员发放的一次性奖金，包括年薪、年终加薪和绩效工资等;二是在计税方法上单独作为一个月工资、薪金，将其平均到月确定适用税率和速算扣除数后单独计税;三是在一个纳税年度内一个纳税人只允许采用一次;四是在发放时由扣缴义务人代扣代缴。
　　9号文件在很长一段时间内作为全年一次性奖金征税管理的重要文件，起到了政策依据和规范管理的重要作用。但是随着时间的推移，灵活多样的经营方式不断出现，给个人所得税的征管提出了新问题。
　　例如，一纳税人任职于某医科大学，同时投资了一家生物技术有限公司，2013年他在两家单位各取得每月1万元的工资、薪金收入，同时这两家单位共计发放一次性的年终奖75万元(其中一家23万元，另一家52万元)，每家单位也按9号文件的方法分别扣缴年终奖个税，不同的是发放时间不一致。根据个人所得税法实施条例第三十六条规定，对两处以上工资、薪金收入要求纳税人在代扣代缴的基础上，到主管税务机关自行申报纳税。税务机关在审核时对该纳税人各月份应补的税款没有异议，但对发放的年终奖75万元，确认只能由最先发放的一家单位采用9号文件的办法，另一家单位发放的不能采用，也就是52万元应并到发放当月计征个税，此项扣除已经代扣的还应补缴个税。而纳税人认为每家代扣单位均只用了一次，没有违背9号文件的规定，不应再补征税款。
　　税务机关的做法是符合9号文件精神的，但实际上这一方法也是有瑕疵的。笔者认为，对纳税人从不同受雇单位取得的同一年度的全年一次性奖金征税比较合理的方法是，应以纳税人为主体，由纳税人在自行申报时对不同受雇单位发放的全年一次性奖金进行同类合并“汇算”申报，平时仍由发放单位按9号文件的规定“预扣”一次，保证税款不流失。也就是将75万元这个总收入单独作为一个月计算税款。虽然用这种方法计算应补的个税少了，但这样操作更科学合理，有利于税收制度的自我完善，有利于纳税人的自觉遵从，是一个双赢的好办法。
　　从深层上讲，这种方法也是有理论依据的。我国的个人所得税实行分类所得税制，即按收入的性质分项计征个人所得税。全年一次性奖金作为个人取得的一项收入只要在性质上是同类的，就应该合并计税，这是符合个税立法精神的，所不同的是所属期不是以月而是以“年度”为单位显现的。从操作上看，个人取得两处以上工资、薪金收入申报时，同一月是可以合并计税的，如果不允许全年一次性奖金这样操作，那么这样的规定是残缺的，也不合理，很难取信于纳税人。
　　反之，如果代扣单位先代扣并申报52万元应纳的全年一次性奖金个税，那么按9号文件的规定，则应补缴的个税比合并计税方法还要少，而这一结果，纳税人是完全可以“筹划”的。因此，选择合并计税的方法比较中性，既能合理适度征税，又能防止税款流失。
　　笔者认为，当前9号文件的弊端主要表现在两个方面：一是没有模拟到有从多家单位取得全年一次性奖金的情形。过去由于单一的经营模式，纳税人取得全年一次性奖金的情况多数是发生在一个单位，因而文件的制定正是基于10年前的这一背景，这在当时有很强的针对性和操作性。然而时过境迁，一些高技能的人才受雇多处的情况已经越来越多，而每家单位发放年终奖的可能也是现实存在的，如果还是用9号文件的方法征税，有悖税收促进经济的原则，不符合国家鼓励人才合理流动的政策要求。
　　二是对纳税人一个年度只能采用“一次”的理解有歧义。有的认为一个代扣单位对同一纳税人的使用方法只要不超过一次就是符合9号文件精神;有的认为谁先发放谁先申报就认谁，其他单位按9号文件申报的全年一次奖金计算方法一律不认;有的认为一个纳税人一个年度只能采用一次是以“纳税人”为主体，由纳税人在自行申报时合并同类收入采用一次就行。不同的理解也导致操作上的五花八门。
　　当然，要正确实施合并计税的方法，还必须加强对全年一次性奖金申报征收中的监控管理。纳税人在自行申报时要提供发放单位的年度分配方案和收入明细等资料，防止混淆月度奖、季度奖和年度奖以及其他各项奖励。