《16号文》规定，为公平税负，支持和鼓励个人投资兴办企业，促进国民经济持续、快速、健康发展，国务院决定，自2000年1月1日起，对个人独资企业和合伙企业停止征收企业所得税，其投资者的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。具体税收政策和征税办法由国家财税主管部门另行制定。
　　《91号文》第三条规定，个人独资企业以投资者为纳税义务人，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人(以下简称“投资者”)。第四条规定，个人独资企业和合伙企业(以下简称“企业”)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照《个人所得税法》的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
　　同时，《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》(财税[2008]65号，以下简称《65号文》)和《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户业主个人独资企业和合伙企业自然人投资者个人所得税费用扣除标准的通知》(财税[2011]62号，以下简称《62号文》)对所得税费用扣除标准都进行了规定。
　　从上述规定可以看出，在个人所得税领域，合伙企业的个人投资者从合伙企业取得的所得，按照从“合伙实体”获得的生产经营所得，比照个体工商户的生产、经营所得征收个人所得税。合伙企业运营中的收入、所得、损失和扣除以及抵免等，最初先在合伙实体层面进行归集和确认，随后再按照个人投资人享有的份额分配到个人合伙人。这实质上是采用了实体理论。
　　当然，应该注意的是，上述政策出台时基本考虑的是从事实体经营活动的合伙企业，譬如从事生产、制造、销售等营业的企业，并未考虑主要从事消极投资活动的有限合伙制创业投资企业的政策。

　　《116号文》法人合伙人企业所得税政策再审视
　　在合伙所得税制两个基本理论及我国税法的实践基础上，再来看有限合伙制创业投资企业法人合伙人企业所得税的有关规定。涉及该规定的国家层面的税法政策比较简单，只有一些原则性规定。

　　(一)国家层面有关法人合伙人企业所得税政策
　　《159号文》第二条规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税;合伙人是法人和其他组织的，应缴纳企业所得税。
　　《159号文》第一次针对法人和其他组织作为合伙企业合伙人的企业所得税问题，作出了原则性规定。这一原则性规定甫一出台，就在理论和实践中引发了极大的争议。因为，从字面理解，该规定似乎意味着法人和其他组织从合伙企业取得的所有收入(包括股息、红利等权益性投资收益)，均应缴纳企业所得税。但如果是在集合理论下，合伙企业视为“透明体”，则合伙企业从被投资企业获得的股息、红利等权益性投资收益和股权转让收益，以及其他消极所得，应该直接穿透到合伙人层面，即合伙企业在向合伙人分配时，这些消极所得的税法性质应该是保持不变的。例如，合伙企业从被投资企业取得的股息、红利等权益性投资收益，在分配到法人合伙人时，税法属性依然将是股息、红利等权益性投资收益。而根据《企业所得税法》第二十六条规定，“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为企业的免税收入”。因此，此时法人合伙人的股息收入应当免征企业所得税。
　　此外，前述的《84号文》规定，个人合伙人取得的来自于合伙企业的股息、红利所得，不计入合伙企业收入，直接穿透视为个人合伙人的收入，税法性质仍然为股息、红利所得，从而按照“利息、股息、红利所得(20%)”应税项目计算缴纳个人所得税。
　　由于《159号文》没有区分法人及其他组织从合伙企业取得收入的类型和性质，笼统地规定均应缴纳企业所得税，从而导致了后续相关政策在股息、红利、利息等所得上，法人合伙人与个人合伙人的不同税务处理，造成了同一性质和来源的所得，在不同的合伙人处的不同税法属性。这实质上导致了不同的税收后果，显然与《84号文》对股息、红利、利息等所得对个人合伙人税务处理规定的基本精神，以及合伙企业税法的基本原理不符。

　　(二)《116号文》有关法人合伙人企业所得税政策再审视
　　从总体上讲，《116号文》的政策存在如下几个方面的问题：
　　1.合伙企业纳税“实体”或是“透明体”的混淆———积极所得或消极所得。从《116号文》的规定来看，合伙企业从投资的未上市中小高新技术企业取得的收入，既包括提供管理咨询服务取得的积极收入(相对较少)，也包括股权投资收益(股息、红利所得)、股权转让收益(股权转让所得)，还可能包括借款利息收入等。将这些收入在合伙企业层面归集，扣除成本、费用、抵免及损失之后，计算得出合伙企业层面的应纳税所得额后，按照约定的合伙权益比例，划分到法人合伙人层面。这实际是不分所得来源及性质，将有限合伙制创业投资企业视为纳税实体在处理。
　　但是，笔者注意到，在同一来源及性质的所得处理上，存在政策矛盾。如前文所述，《84号文》第二条，“关于个人独资企业和合伙企业对外投资分回利息、股息、红利的征税问题”规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
　　显然，在合伙企业对外投资取得股息、红利所得时，对个人合伙人采取的是直接穿透的方式来进行处理，保留了股息、红利原来的税收属性。这是集合理论的观点，将合伙企业视为“透明体”。但到了《116号文》，对于有限合伙制创业投资企业从未上市中小高新技术企业取得的股权投资收益(股息、红利所得)，则采用实体理论观点，视为合伙企业的收入，先在合伙企业层面归集计算应纳税所得额后再划分。
　　笔者认为，这样处理混淆了实体理论和集合理论在积极经营所得和消极所得上的应用。同时，既然对个人合伙人采用穿透，那么，为什么不对法人合伙人采用同样的政策呢?这显然导致同一事项有两个不同性质的判定，从而制定了不同的税收政策。
　　2.《116号文》采用以合伙企业划分应纳税所得额抵扣的政策，使得与法人制创业投资企业政策不相一致，存在划分应纳税所得额与法人合伙人自身应纳税所得额的差异。
　　对于此问题，需在前述[案例1]的基础上，加上另一个案例来展开讨论。
　　[案例2]基本事实同[案例1]，除了下述事实：(1)假定，甲公司系根据《创业投资企业管理暂行办法》(国家发展和改革委员会等10部委令2005年第39号)和《外商投资创业投资企业管理规定》(商务部等5部委令2003年第2号)设立的专门从事创业投资活动的企业法人;(2)A企业当年的扣除总额为50万元;(3)甲公司当年实现应纳税所得额500万元[含A企业划分的70万元=(200万元+200万元-50万元)×20%]。
　　根据《87号文》规定，甲公司可以在当年抵扣140万元(1 000万元×20%×70%)。但在甲公司通过有限合伙A企业间接投资的情形下，甲公司仅仅只能在当年抵扣70万元[(400万元-50万元)×20%]。显然，在这两种情形下，合伙企业A的“透明体”地位并没有完全地实现，造成两种政策的待遇不一致，一定程度上会对有限合伙制创业投资企业的发展造成障碍。
　　笔者认为，《116号文》的政策规定值得商榷。如果《116号文》对来自于投资的消极所得采取与个人合伙人同样的直接穿透政策的话，则划分至法人合伙人的应纳税所得额应包括如下两个部分：
　　一是A企业取得的投资收益(股息、红利消极所得)直接穿透划分到甲公司，即40万元(200万元×20%)，属于居民企业之间的免税股息，免于纳税;二是A企业取得的管理咨询费用(经营收入积极所得)，在减去扣除项目后划分到甲公司。假定扣除总额为50万元，则划分额为30万元[(200万元-50万元)×20%]。两部分合计应纳税所得额为30万元。
　　同时，对于法人合伙人的抵扣政策，应采取与《87号文》一致的政策，允许甲公司以其自身的应纳税所得额(而不是A企业划分的应纳税所得额为限)抵扣70%的投资额，保持政策的一致。如果政策是这样的话，则甲公司500万元应纳税所得额首先调减40万元，在此范围内还可以抵扣140万元，当期调整后应纳税所得额为320万元(500万元-40万元-140万元)。
　　3.从其他企业取得的收益抵扣投资额的问题。从[案例1]中可以发现，A企业从C公司取得管理咨询费用收入被用于计算划分至甲公司的应纳税所得额40万元(200万元×20%)。这意味着，来源于C公司投资的200万元的非投资性收益，在B公司投资额度内享受了抵扣的优惠政策，显然和“为鼓励对非上市的中小高新企业的股权投资，而给予优惠政策”的精神是相违背的。《116号文》对这个问题并没有进行明确的规定。