是否拥有高新技术企业所带来的税收优惠，对企业的经营业绩影响可谓重大。
　　随着高新资格检查的力度增强，在频繁的检查以及后续税收管理过程中，不符合条件的企业将面临着很大的高新资格被撤销的风险。高新技术企业资质瑕疵，终将导致已享税收优惠尽失。如果企业的高新资格被撤销，以前年度享受的高新税收优惠都会被税务机关后续如数追回，高新企业未通过复审除补缴税款外，还需加收滞纳金并处以罚款。
　　企业所得税率优惠。国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。
　　高新企业享受15%的优惠所得税率，相当于在原来25%的基础上降低了40%。
　　研发费用加计扣除。企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除;形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。
　　符合条件的技术转让所得免征、减征企业所得税。一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税;超过500万元的部分，减半征收企业所得税。
　　高新技术企业固定资产加速折旧。允许加速折旧的固定资产包括：由于技术进步，产品更新换代较快的固定资产;常年处于强震动、高腐蚀状态下的固定资产。
　　采取缩短折旧年限方法的，最低折旧年限不得低于本条例第六十条规定折旧年限的60%。
　　采取加速折旧方法的，可以采取双倍余额递减法或者年数总和法。
　　《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》(国税函〔2009〕203号)第一条规定，当年可减按15%的税率征收企业所得税或按照《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》(国发〔2007〕40号)享受过渡性税收优惠的高新技术企业，在实际实施有关税收优惠的当年，减免税条件发生变化的，应按《科学技术部、财政部、国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理办法〉的通知》(国科发火〔2008〕172号)第九条第二款的规定处理。
　　国科发火〔2008〕172号第九条第二款规定，享受减税、免税优惠的高新技术企业，减税、免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告。不再符合减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务。未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。
　　同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构复核。复核期间，可暂停企业享受减免税优惠。
　　《关于印发税收减免管理办法(试行)的通知》(国税发〔2005〕129号)第二十四条规定，纳税人实际经营情况不符合减免税规定条件的或采用欺骗手段获取减免税的、享受减免税条件发生变化未及时向税务机关报告的，以及未按本办法规定程序报批而自行减免税的，税务机关按照税收征管法有关规定予以处理。
　　《国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》(国税函〔2009〕255号)规定，列入事先备案的税收优惠，纳税人应向税务机关报送相关资料，提请备案，经税务机关登记备案后执行。对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠;经税务机关审核不符合税收优惠条件的，税务机关应书面通知纳税人不得享受税收优惠。
　　根据上述规定，企业无法达到相关政策标准的而享受了高新企业税收优惠，就会涉嫌存在骗取高新技术企业资质、进而偷逃企业所得税款的违法行为。纳税人一旦被取消高新资格，实际经营情况不符合减免税规定条件而申请享受到的优惠税款，将面临补缴税款，补缴时会涉及到加收滞纳金和处以罚款。同时，纳税人重新申请认定高新技术企业，可能会影响公司再次获得高新技术企业资质或享受高新技术企业的所得税税收优惠。
　　研发人员占公司员工比例未达标准
　　案例一：精艺股份的子公司佛山市顺德区精艺万希铜业有限公司于2008年被认定为高新技术企业，自2008年1月1日至2010年12月31日享受15%的企业所得税优惠税率。由于精艺万希2009年末人员变动，导致其研发人员占公司员工比例未达高新技术企业认定标准规定的“研发人员占企业当年职工总数的10%以上”，其在2009年第1季度至第4季度均按15%的所得税率预缴了企业所得税，其主管税务机关要求其在2009年度所得税汇算清缴申报时需按25%税率计缴企业所得税，因税率差应补缴企业所得税额579万余元。
　　案例二：华映视讯科技人员指标未达标准，要求按照25%税率补缴企业所得税。
　　华映视讯发布公告披露：公司控股子公司华映视讯(吴江)有限公司2009年所得税汇算清缴需补缴1100余万元所得税，主因华映视讯2009年度人员指标未达到高新技术企业标准，税务局要求按照25%税率计算缴纳所得税，由于华映视讯在2009年会计核算及所得税预缴申报时均按照高新技术企业所得税率15%计算所致。税款已于2010年5月31日完成补缴。
　　新技术产品收入比例未达标准
　　案例三：东湖高新《公告》披露：因公司以前年度高新技术产品收入占比未达到60%，国家审计署和税务机关认定公司不得享受高新技术企业所得税优惠政策，公司补缴2005年-2009年期间企业所得税款3300余万元及滞纳金1593.36万元。
　　案例四：近日，当地主管税务机关对A公司进行检查过程中发现，A公司的高新技术产品收入比例事实上并未达到《高新技术企业认定管理办法》所要求的60%的标准，不符合国家规定的高新技术企业资格所规定的条件，故不应享受税收优惠政策，遂发出《税务行政处理决定书》，要求A公司补缴2010年、2011年和2012年3个年度的企业所得税5800余万元并缴纳滞纳金。
　　未通过高新技术企业复审
　　案例五：南海发展《关于未通过高新技术企业复审的公告》称：根据广东省科技厅网站日前公示的《广东省2012年第二批拟通过复审高新技术企业名单》，公司未被列入，即公司未能通过高新技术企业复审。根据规定，公司2012年度不能享受高新技术企业的企业所得税优惠政策，应按25%的 税率缴纳企业所得税。由于公司2012年1-9月暂按15%的所得税税率预缴企业所得税，因此须补缴2012年1-9月企业所得税额为760万元，占同期净利润(合并报表)比例为4.93%。
　　研发费用占总收入比例小于3%
　　案例六：报喜鸟《关于2013年度可能不享受国家高新技术企业所得税优惠政策的公告》称：2013年4月20日，公司董事会在《2012年度报告》中披露：由于母公司经营范围扩大，直营占比持续提高，导致收入规模增长，且研发方向规划将进行较大调整，并经地方相关主管部门税收评估与沟通，公司不再申请2013年享受国家高新技术企业所得税优惠政策。近日，经与当地税务主管部门进行初步沟通，当地税务主管部门认为母公司若2013年度研发费用占总收入占比小于3%，则2013年度不能享受国家高新技术企业所得税优惠政策。
　　不符合高新技术企业税收优惠条件
　　案例七：联合化工《关于收到主管税务机关对公司2011年度所得税税收优惠政策不予备案通知的公告》称：2012年6月5日，公司收到沂源县地方税务局《关 于所得税税收优惠不予备案通知书》，对公司提出的2011年度高新技术企业税收优惠备案申请进行了审核，认为公司2011年度不符合高新技术企业税收优惠条件，决定不同意公司享受2011年度企业所得税相关税收优惠。
　　由此，联合化工需对2011年度的所得税税率由15%调整为25%重新计算，追溯调整2011年度相关财务数据，经公司财务部门初步测算，预计2011年度的企业所得税费用增加1304.71万元。
　　皮鞋皮具不属于高新技术
　　案例八：奥康鞋业从事的皮鞋、皮具生产确实不在《国家重点支持的高新技术领域》规定的八大领域之列。
　　截至2011年6月30日，公司从研发人员人数、学历方面以及公司研发费用占营业收入的比例均远低于高新技术企业的规定。
　　根据招股书，2011年上半年和2010年，奥康鞋业按照15%的税率计算的企业所得税分别为6456.2万元和11000.47万元。而若根据25%的税率计算，应分别为10760.33万元和18334.12万元。以此计算，奥康鞋业这两年因获得高新企业资质而少缴所得税1.16亿元。