一、 尽量按照会计口径填表企业的营业收入和营业成本
　　虽然我们在企业所得税法实施条例中明确的企业所得税应纳税所得额的计算是用收入总额-不征税收入-免税收入-税前准予扣除的项目。但是，无论是修改前的企业所得税申报表还是新的企业所得税申报表，设计思路都是一致的，即申报表是通过会计利润进行纳税调整和调减得到应纳税所得额。既然是基于这个目的，新企业所得税申报表在《一般企业收入明细表》（A101010）和《金融企业收入明细表》（A101020）中都将企业所得税中视同销售收入剔除（对应在《一般企业成本支出明细表》（A102010）和《金融企业支出明细表》（A102020）中也将视同销售成本剔除）。这样就保证了主表（A100000）第13行前的数字尽量和会计保持一致，这样便于后期税务机关利用企业所得税申报表信息和企业报送的财务报表信息进行风险比对，减少不必要的差异导致比对风险异常。因此，这一调整实际体现了总局的新企业所得税申报表的设计思路，即申报表不是简单用来报税的，他实际为税务机关开展风险管理提供信息来源。基于这个目的，申报表设计时应该尽量考虑为后期税务机关开展风险比对提供更加高效、明晰的信息。视同销售收入和视同销售成本的填报调整到《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）中，并最终在《纳税调整明细表》（A105000）反映。
　　二、 视同销售业务的企业所得税问题
　　虽然我们对视同销售的企业所得税填报规则进行了变更，但是视同销售业务的填报规则设计上还是存在一定的缺陷。比如，某企业用自产产品用于业务宣传，该产品的成本是100，市场售价是150.企业会计处理为：
　　借：业务宣传费 125.5
　　　　贷：存货 100
　　　　　　应交税费-应交增值税（销项税）25.5
　　对于这笔业务，根据《企业所得税法实施条例规定》应该做视同销售。因此，我在进行所得税申报表填报时，应该将150填报到《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）第3行“用于市场推广或销售视同销售收入”中，100填入该表第13行“用于市场推广或销售视同销售成本”中。但是，你既然视同销售了，我此时税收上可以扣除的业务宣传费就不再是会计核算的125.5，而是175.5.但是，这个数字我在《广告费和业务宣传费跨年度纳税调整明细表》（A105060）中是无法填报的。因为该表说明规定第一行只能填纳税人按会计核算计入当年损益的广告费和业务宣传费。这个问题在用于捐赠、用于职工奖励和福利的视同销售中都存在。我们认为，申报表不能去否定政策的合理执行。因此，我们认为，企业可以按照125.5计算出来的可以税前扣除的金额，与按照申报表计算出来的可以税前扣除金额之间的差额，填报在《纳税调整项目明细表》（A105000）第42行其他中，并附说明解决。
　　三、 广告费、业务宣传费、业务招待费的扣除依据
　　在修改前的企业所得税申报表中，我们已经明确了，广告费、业务宣传费和业务招待费的扣除依据就是纳税人在主表第1行销售（营业）收入。但是，新企业所得税由于将视同销售收入剔除在收入明细表之外，也就是主表（A100000）第1行营业收入中不含视同销售收入了。那问题是视同销售收入能否再作为他们的扣除依据呢？通过分析《纳税调整项目明细表》（A105000）第15行第2列业务招待费的税收金额以及《广告费和业务宣传费跨年度纳税调整明细表》（A105060）第4行本年计算广告费和业务宣传费扣除的销售（营业）收入的填表说明，都是写的按税法规定可以扣除的金额，特别是在《广告费和业务宣传费跨年度纳税调整明细表》（A105060）第4行填表说明中写的是“填写按照税法规定计算广告费和业务宣传费扣除限额的当年销售（营业）收入”，且在表内、表间关系中，该行并不和主表（A100000）第1行有关联关系。因此，虽然视同销售收入从主表第1行剔除了，但是企业在计算广告费、业务宣传费和业务招待费填报的计算扣除依据的收入仍然是包含视同销售收入的。
　　四、 企业非货币资产对外投资视同销售问题
　　对于企业用非货币资产对外投资，在企业所得税上是否需要视同销售缴纳企业所得税，大家一直是有争议的。因为，在新的企业所得法实施条例第25条中并没有企业将财产用于投资需要视同销售缴纳企业所得税的规定。但是，在实践中，大家一般认为企业用非货币资产对外投资仍需要视同销售，因为我们认为这是企业一种非货币资产交换行为，按照第25条企业非货币资产交换处理。但是，我们看到在《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）专门有一行即第8行用于填报用于对外投资项目视同销售收入，第18行用于填报用于对外投资项目视同销售成本。因此，新申报表实际进一步明确了企业用非货币资产对外投资在企业所得税上是需要做视同销售处理的。但是，严格意义来讲，这个设计是存在合法性问题的。因为，申报表是根据《企业所得税法》来的，是用来实现或明细法律既有的规则的，你不能通过申报表创设出新的法律规则。如果你认为企业用非货币资产对外投资是非货币资产交换（不管是否合理），在申报表设计上你应该在第2行“非货币性资产交换视同销售收入”下面新增一行“其中用于对外投资项目视同销售收入”作为他的附属行，这样从形式上还基本能过得去。但是，如果把“用于对外投资项目视同销售收入”和“非货币性资产交换视同销售收入”并列，实际你就承认我企业用非货币资产对外投资不是非货币性资产交换。既然不是非货币性资产交换，《企业所得税法实施条例》并没有规定企业用财产对外投资需要视同销售，你这里申报表突然把他加上了岂不是额外创设新的税收规则吗，这个就违背了上位法。因此，这里申报表设计有欠妥的地方。
　　五、房地产企业按预计毛利率交税是否可以扣除营业税及土地增值税问题
　　对于房地产开发企业取得房地产预售收入，根据国税发「2009」31号文规定按照预计毛利率进行企业所得税申报时，能否扣除其实际缴纳企业营业税及其附加以及土地增值税，各地税务机关有不同的看法。有些税务机关给扣除，有些税务机关又不给扣除。这个问题，在《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）中给予了明确的答复，在该表第22-25行的计算中，申报表和填表说明都明确了，房地产企业销售未完工产品实际发生的营业税金及附加、土地增值税，且在会计核算中未计入当期损益的金额是可以扣除的。
　　六、房地产企业所得税广告费、业务宣传费、业务招待费的扣除依据
　　根据国税发「2009」31号文，房地产开发企业产品完工前的预售收入也可以作为广告费、业务宣传费和业务招待费的扣除依据。但是，要注意，根据新企业所得税申报表，由于设计思路基本是根据会计来的，房地产企业预售收入会计作为预收账款，新申报表就不会把他放到主表（A100000）第1行营业收入中（《一般企业收入明细表》（A101010））中。而是直接在《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）第21行计算出纳税调整额填在《纳税调整项目明细表》（A105000）第39行中。因此，房地产企业在计算广告费、业务宣传费和业务招待费扣除依据时要自行把这部分收入加上计算。但后期房地产完工产品确认收入了，如果这部分收入是属于前期预售款结转的，这部分收入就不能再作为三费计算依据。这些是需要靠人工判断填写的，表格并没有通过设计规则来强制。
　　七、房地产企业产品完工后的企业所得税申报
　　根据新申报表，房地产企业只有在产品完工，会计上确认销售收入时才会在申报表上确认营业收入和营业成本。因此，《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）只是把其当期完工产品确认收入中对应的以前按照预计毛利率确认的毛利额和当时实际发生的营业税税金及附加、土地增值税转回。因此，企业完工产品会计确认收入后，正常填报主表（A100000）的营业收入、营业成本以及营业税金及附加。但是，房地产开发企业按照权责发生制原则，由于土地增值税没有清算，在会计确认收入，按照会计谨慎原则预提的土地增值税进入的营业税金及附加在企业所得税申报时是不能扣除的。但从填报说明上看，主表（A100000）第3行要求纳税人根据会计核算科目填报。此时，纳税人需要将这部分土地增值税在在《纳税调整项目明细表》（A105000）第42行“其他”中通过纳税调增解决。
　　但是，这里有一个问题，就是税收上房地产完工产品收入的确认标准和会计准则是不一致的。如果企业已经符合国税发「2009」31号文规定的3个需要确认完工产品收入的条件，但是会计上还不符合没有确认收入的，如何进行填报则是一个不确定性的问题，这里前后差异就更加复杂了。
　　八、企业用财政性资金用于研发的支出能否加计扣除问题
　　对于企业用财政性资金用于研发能否加计扣除，国税发「2008」116号文在文件中并没有说明，也是在附件的表格中说要扣除财政补助部分。但是，实际执行中税务机关有两种意见，一种意见是纳税人取得财政性资金，如果申请作为不征税收入了，则用这部分收入发生的研发支出既不能扣除，也不能加计扣除。如果企业没有作为不征税收入，直接作为营业外收入交税了，则这部分研发支出既可以扣除，也可以加计扣除。但第二种观点认为，企业即使取得财政性资金没有作为不征税收入，已经完税了。但用这部分收入形成的研发支出，也只能据实扣除，不能加计扣除。在《研发费用加计扣除优惠明细表》（A107014）第 11列“减：作为不征税收入处理的财政性资金用于研发的部分”且第12行“可加计扣除的研发费用合计”等于10-11.因此，这里扣除的只是作为不征税收入处理的财政性资金用于研发支出的部分。如果企业取得财政性资金，没有申请作为不征税收入，而是作为征税收入交税了。这部分收入用于研发形成的支出，则既可以扣除，也可以加计扣除。
　　九、免税项目亏损能否用应税项目所得弥补问题
　　由于新企业所得税法采用了大量的项目式优惠。企业免税项目有所得可以免税。但如果免税项目有亏损，能否用应税项目所得去弥补呢？根据《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函[2010]148号）的规定：对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补……但是，如何计算出免税项目的亏损，申报表如何实现，这个在原先的申报表中都是不明确的，实际执行中存在争议。现在，在新的企业所得税申报表的《所得减免优惠明细表》（A107020）中明确纳税人必须将免税项目的收入、成本、相关税费、应分摊的期间费用和纳税调整额单独列出来，单独计算第6列项目所得额。但是，哪些是免税项目需要分摊的期间费用，是所有的都要分摊，还是部分分摊。另外，如果分摊了广告费、业务宣传费和业务招待费，是否这部分免税项目分摊的费用，需要按照项目的收入计算扣除限额吗，否则为什么加上一列“纳税调整额”，但这样是否过于复杂。更为关键的是，该表第7列“减免所得额”在填表说明中写了：本行<0，填写负数。而该列数据根据表内、表间关系要填到主表（A100000）第20行中，减去负数的“所得减免”实际就是纳税调增了。因此，这实际明确了如果企业免税项目亏损是不能用应税项目所得去弥补的，需要纳税调增。但是，根据填表说明来看：第7列“减免所得额”：填报享受所得减免企业所得税优惠的企业，该项目按照税法规定实际可以享受免征、减征的所得额。本行<0的，填写负数。且第40行第7列=表A100000第20行。换句话说，企业如果有多个免税项目，这个填表规则实际明确的这样一个政策，就是企业如果有多个免税项目，应该首先将不同免税项目的盈利和亏损进行相互弥补，如果不同免税项目最终有所得，享受免税。如果不同免税项目盈亏互抵后最终是亏损，该亏损就不能用当年应税项目所得来弥补。
　　但这里带来另外一个问题，就是西部大开发优惠政策，由于总机构设在西部大开发税收优惠地区的企业？仅就设在优惠地区的总机构和分支机构（不含优惠地区外设立的二级分支机构在优惠地区内设立的三级以下分支机构）的所得确定适用15%优惠税率。总机构设在西部大开发税收优惠地区外的企业，其在优惠地区内设立的分支机构（不含仅在优惠地区内设立的三级以下分支机构），仅就该分支机构所得确定适用15%优惠税率。此时，如果区内享受优惠的机构又亏损，能否用区外25%的所得弥补呢，还是要单独计算呢？从新申报表设计来看，西部大开发税收优惠在《减免所得税优惠明细表》（A107040）中，不在《所得减免优惠明细表》（A107020）中。从填表说明来看，如果区内亏损，这里我就填0不享受优惠，不需要填写负数，即区内亏损可用区外所得弥补。
　　十、政府补贴申报表填报问题
　　申报表实际中，有些信息会在多张表中体现。比如政府补助，一部分在《未按权责发生制确认收入纳税调整明细表》（A105020）第9行反映，一部分又在《专项用途财政性资金纳税调整明细表》（A105040），且这两种表中的纳税调整信息都要关联到《纳税调整项目明细表》（A105000）中并最终反映到主表。因此，为了避免被重复调整，在对政府补贴的填表中要分类，属于享受不征收收入的政府补贴填入《专项用途财政性资金纳税调整明细表》（A105040），要征税的政府补助填入《未按权责发生制确认收入纳税调整明细表》（A105020），且这个填报方法还是基于企业执行会计准则的情况下。
　　十一、投资损失的填报问题
　　和第十条一样，主表第9行投资收益填写的是企业各项投资盈利和亏损合计后的数额。而在《投资收益纳税调整明细表》（A105030）第8列是 “会计确认的处置所得或损失”，第9列“税收计算的处置所得”，这个差异的调整要填入《纳税调整项目明细表》（A105000）中。同时，在《资产损失税前扣除及纳税调整明细表》（A105090）第12行投资损失的税会差异也要填入《纳税调整项目明细表》（A105000）中。为了避免投资损失税会差异在两处填报两处重复调整，实际上《投资收益纳税调整明细表》（A105030）这张表只能填入税收上计算时所得的投资转让行为。税收上计算时亏损的投资行为应该只填报在《资产损失税前扣除及纳税调整明细表》（A105090）中。
　　十二、非货币资产交换行为的填报
　　非货币资产交换行为，既在《一般企业收入明细表》（A101010）有，也在《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）有。实际上，非货币资产交换，如果会计和税法一致，都做销售处理，就填在《一般企业收入明细表》（A101010），只有会计不走销售，税法做销售的，才填到《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）中，不能重复填报。
　　十三、非货币资产对外投资的填报
　　非货币资产对外投资，既在《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）有，也在《企业重组纳税调整明细表》（A105100）。实际上，《企业重组纳税调整明细表》（A105100）中的以非货币性资产对外投资主要是填报《财政部国家税务总局关于中国（上海）自由贸易试验区内企业以非货币性资产对外投资等资产重组行为有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2013〕91号）的优惠。如果企业非货币资产对外投资享受特殊性税务处理，则只要在《企业重组纳税调整明细表》（A105100）中填报。如果企业非货币资产对外投资，会计和税法都确认收益，则两张表都不填。如果会计不确认收益，但税法确认收益，且不享受特殊性税务处理，则只填在《视同销售和房地产开发企业特定业务纳税调整明细表》（A105010）中。
　　十四、分期收款销售填表问题
　　对于分期收款销售，会计一次确认收入，但税法是分期确认收入的。因此，申报表在《未按权责发生制确认收入纳税调整明细表》（A105020）第 5行中进行了调整。但是，和视同销售一样，你税收上既要对分期销售的收入在税收和会计上的差异进行调整，也要对分期销售的成本在税收和会计上的差异进行调整。而现在的申报表只反映了对收入差异的调整，没有反映对成本确认差异的调整。