《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额/清算的总建筑面积。
　　执行该文件的规定，需要理顺三方面问题：一是计算清算后单位建筑面积成本费用依据的扣除项目总金额，是否包含与清算时点收入对应的税金及附加?二是清算后取得发票的开发成本，能否扣除?如何扣除?是在清算时未售面积之间扣除?还是在清算项目总可售面积之间扣除?三是如果整个项目销售完毕，能否进行总体清算?
　　对于第一个和第二个问题，《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》(重庆市地方税务局公告2014年第9号)给了明确答复。该公告第五条第一款规定，单位建筑面积成本费用额=清算成本费用额(不含转让房产有关税金及附加)/清算可售建筑面积;清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额*本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加。该公告第五条第二款规定，单位建筑面积成本费用额=清算认定(或上期累计)“单位建筑面积成本费用额”+本期“后续成本额”/清算可售建筑面积，清算后转让扣除额=单位建筑面积成本费用额*本期转让面积+本期转让房产有关税金及附加。
　　对于第三个问题，《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》(鄂地税发〔2013〕44号)第九条规定，纳税人达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用均已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额，二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。
　　部分省市对清算后再转让房产应纳土地增值税的情况，仅要求按国税发〔2006〕187号执行，未作进一步明细规定。据笔者了解，基层税务机关在具体征管实践中，在纳税人土地增值税首次清算后，如果项目尚未全部销售完毕，一般按照重庆市地方税务局2014年第9号的规定对纳税人缴纳土地增值税进行纳税指导和评估;对于项目清盘后纳税人要求的整体清算，税务机关则参照的是鄂地税发〔2013〕44号的规定。在此前提下，纳税人会有一些纳税筹划空间。
　　案例
　　某写字楼项目总可售面积10000平方米(共5层，每层2000平方米)，2007年6月取得预售许可证。2010年8月，根据主管税务机关的要求进行土地增值税的清算。清算时已售面积5000平方米(第3层1000平方米及第4层、第5层)，清算时每平方米均价5000元，清算时已取得发票的单位产品开发成本2800元/平方米(该单位成本不含市政配套费及人防异地建设费用和利息支出)，市政配套及人防异地安置建设费每平方米200元。经营税金及附加按销售收入的5.6%计算，房地产开发费用按取得土地使用权所支付的金额以及开发成本之和的10%计算扣除，不考虑其他纳税调整事项，清算时应缴并已实际缴纳土地增值税1320000元。
　　首次清算后，取得建安发票2000000元(平均每平方米单位开发成本200元)。2014年8月，销售4500平方米给甲金融单位(第1屋、第2层和第3层500平方米)，平均售价10000元/平方米，尚未销售房屋为第3层的500平方米。
　　一般情况下，该企业土地增值税纳税申报金额计算如下：
　　①实现销售收入总额为4500*10000=45000000(元);
　　②不含利息、配套费的开发成本扣除额为(2800+200)*4500=13500000(元);
　　③不可加计扣除的市政配套费及人防扣除额为200*4500=900000(元);
　　④房地产开发费用为②*10%=1350000(元);
　　⑤财政部允许加计扣除项目金额为②*20%=2700000(元);
　　⑥经营税金及附加为45000000*5.6%=2520000(元);
　　⑦扣除金额合计为②+③+④+⑤+⑥=20970000(元);
　　⑧增值率为(45000000-20970000)/20970000=114.59%;
　　⑨应缴土地增值税金额为(45000000-20970000)*50%-20970000*15%=8869500(元)。
　　两种筹划方案
　　如果纳税人转换思路，针对尚未销售房产500平方米，采取以下两种方案，将上述清算后再转让这个过程申报行为转变为二次清算行为，则应缴纳的土地增值税金额如下：
　　(一)方案一：将未售房产办理产权证明转作自用，一般税务机关可视同整个项目已销售完毕，同意该项目整体清算。
　　①实现销售收入总额为5000*5000+4500*10000=70000000(元);
　　②不含利息、配套费的开发成本扣除额为(2800+200)*9500=28500000(元);
　　③不可加计扣除的市政配套费及人防扣除额为200*9500=1900000(元);
　　④房地产开发费用为②*10%=2850000(元);
　　⑤财政部允许加计扣除项目金额为②*20%=5700000(元);
　　⑥经营税金及附加为70000000*5.6%=3920000(元);
　　⑦扣除金额合计为②+③+④+⑤+⑥=42870000(元);
　　⑧增值率为(70000000-42870000)/42870000=63.28%;
　　⑨应缴土地增值税金额为(70000000-42870000)*40%-42870000*5%=8708500(元);
　　⑩已缴土地增值税1320000元，应补缴土地增值税7388500元。
　　(二)方案二：通过公共媒介拍卖或者与甲金融单位协商等形式，选择一个相对合理价格将未售房产销售完毕，争取该项目整体清算。
　　假设未售房产500平方米以均价每平方米6000元成交：
　　①实现销售收入总额为5000*5000+4500*10000+6000*500=73000000(元);
　　②不含利息、配套费的开发成本扣除额为(2800+200)*10000=30000000(元);
　　③不可加计扣除的市政配套费及人防扣除额为200*10000=2000000(元);
　　④房地产开发费用为②*10%=3000000(元);
　　⑤财政部允许加计扣除项目金额为②*20%=6000000(元);
　　⑥经营税金及附加=73000000*5.6%=4088000(元);
　　⑦扣除金额合计=②+③+④+⑤+⑥=45088000(元);
　　⑧增值率=(73000000-45088000)/45088000=61.91%;
　　⑨应缴土地增值税金额=(73000000-45088000)*40%-45088000*5%=8910400(元);
　　⑩已缴土地增值税1320000元，应补缴土地增值税7590400元。
　　结果分析及对比
　　方案一比原申报土地增值税金额少缴1481000元，自用房如果以后销售时，应按二手房的规定缴纳土地增值税。方案二比原申报土地增值税金额少缴1279100元，比方案一土地增值税多缴201900元，但能使该项目所有可售房产的土地增值税完全清算完毕。上述两个方案均取得了较好的经济效益，其主要原因有两点：一是因为二次清算的原因，首次清算后取得发票的成本能够全部税前扣除，抵免了土地增值税应纳税额;二是整个项目合并清算，降低了整个项目的土地增值税税率，这也是土地增值税应纳税额降低的主要原因。土地增值税超率累进税率的特殊性给我们一线财税实务人员提供了思考的空间，实践中如果我们勤于思考，善于与税务机关沟通，可能会给企业带来很好的税收效益。