《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2013〕106号)第九条规定，提供应税服务，是指有偿提供应税服务，但不包括非营业活动中提供的应税服务。
　　有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。
　　非营业活动，是指：
　　(一)非企业性单位按照法律和行政法规的规定，为履行国家行政管理和公共服务职能收取政府性基金或者行政事业性收费的活动。
　　(二)单位或者个体工商户聘用的员工为本单位或者雇主提供应税服务。
　　(三)单位或者个体工商户为员工提供应税服务。
　　(四)财政部和国家税务总局规定的其他情形
　　第十一条规定，单位和个体工商户的下列情形，视同提供应税服务：
　　(一)向其他单位或者个人无偿提供交通运输业、邮政业和部分现代服务业服务，但以公益活动为目的或者以社会公众为对象的除外。
　　(二)财政部和国家税务总局规定的其他情形。
　　第四十五条规定，个人提供应税服务的销售额未达到增值税起征点的，免征增值税;达到起征点的，全额计算缴纳增值税。
　　增值税起征点不适用于认定为一般纳税人的个体工商户。
　　财税〔2013〕106号文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》规定，研发和技术服务，包括研发服务、技术转让服务、技术咨询服务、合同能源管理服务、工程勘察勘探服务。
　　2.技术转让服务，是指转让专利或者非专利技术的所有权或者使用权的业务活动。
　　财税〔2013〕106号文件附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条规定，下列项目免征增值税：
　　(四)试点纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务。
　　1.技术转让，是指转让者将其拥有的专利和非专利技术的所有权或者使用权有偿转让他人的行为;技术开发，是指开发者接受他人委托，就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究开发的行为;技术咨询，是指就特定技术项目提供可行性论证、技术预测、专题技术调查、分析评价报告等。
　　2.审批程序。试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到试点纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件报主管国家税务局备查。
　　根据上述规定，以专利技术使用权投资入股，以专利技术使用权换取股权，个人取得了经济利益，对所提供的应税服务，应按规定缴纳增值税。入股作价额未达到起征点的，免征增值税;符合免税规定的，免征增值税。个人缴纳增值税的，相应还需缴纳城建税、教育费附加、地方教育附加等附加税费。
　　《印花税税目税率表》规定，产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用权、专利权、专有技术使用权等转移书据。立据人按所载金额万分之五贴花。
　　根据上述规定，个人以专利技术使用权投资入股，入股协议属于产权转移书据，应按入股作价金额万分之五贴花。
　　《个人所得税法》第二条规定，下列各项个人所得，应纳个人所得税：
　　六、特许权使用费所得;
　　第三条规定，个人所得税的税率：
　　五、特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
　　《个人所得税法实施条例》第八条规定，税法第二条所说的各项个人所得的范围：
　　(六)特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得;提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得。
　　第十条规定，个人所得的形式，包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。所得为实物的，应当按照取得的凭证上所注明的价格计算应纳税所得额;无凭证的实物或者凭证上所注明的价格明显偏低的，参照市场价格核定应纳税所得额。所得为有价证券的，根据票面价格和市场价格核定应纳税所得额。所得为其他形式的经济利益的，参照市场价格核定应纳税所得额。
　　参考《国家税务总局关于个人以股权参与上市公司定向增发征收个人所得税问题的批复》(国税函〔2011〕89号)规定，根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例等规定，南京浦东建设发展有限公司自然人以其所持该公司股权评估增值后，参与苏宁环球股份有限公司定向增发股票，属于股权转让行为，其取得所得，应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。
　　根据上述规定，个人以技术专利使用权投资入股，属于提供特许权使用费所得，应按规定缴纳个人所得税。