根据企业所得税法及其实施条例的规定，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除。在实际执行过程中，由于部分企业财务人员和基层税务人员对研发费用加计扣除的范围、申报环节和具体要求等不够了解，再加之企业会计核算与税法规定存在一定的差异，造成一些企业在确定研发费用加计扣除范围和申报纳税过程中出现了问题。笔者就申请享受自主研究开发费用加计扣除税收优惠时应注意的几个问题进行整理和分析，供纳税人参考。
　　第一，注意研发费用加计扣除范围。企业会计核算研发费用执行的主要依据是《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》(财企﹝2007﹞194号)，该意见列举企业研发费用的范围比较宽泛。而税法规定的允许税前加计扣除的研发费用执行的主要依据是《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》(国税发〔2008〕116号)和《财政部、国家税务总局关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》(财税﹝2013﹞70号)。通过比较，研发费用加计扣除的范围，在会计核算与税法规定之间主要存在以下差异。
　　(1)外聘研发人员的劳务费用。在会计核算中，这部分费用允许计入研发费用。但是在税务处理上，可计入加计扣除的研发费用仅限于在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴、社会保险费和住房公积金。外聘研发人员的劳务费用虽然是为研发项目而发生，但不可加计扣除。
　　(2)房屋的折旧和租赁费。在会计核算中，研发费用的范围包括房屋的折旧费和租赁费。但是在税务处理上，可计入加计扣除的研发费用指专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费，房屋的折旧和租赁费不在加计扣除范围。
　　(3)与研发活动直接相关的管理费用。在会计核算中，与研发活动直接相关的管理费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等。但是，在税务处理上，除了“技术图书资料费、资料翻译费”可享受加计扣除外，其他的费用都不属加计扣除的范围。
　　(4)其他相关的研发费用。在税务处理上，加计扣除的研发费用更多的是强调与研发项目相关的直接支出，注重专属性。如专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用，专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。若上述无形资产、模具、工艺装备等开发制造费，在进行新产品、新技术、新工艺研发的同时，还用于其他产品的生产经营活动，则不能享受加计扣除。
　　(5)从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款。企业取得国家财政拨款并纳入不征税收入的研究开发费用，以及从有关部门和母公司取得的研究开发费专项拨款，在计算研发费用加计扣除时应予以剔除。
　　第二，注意研发项目确认的立项要求。在会计核算层面，研发费用指企业在产品、技术、材料、工艺、标准的研究、开发过程中发生的各项费用。对研发项目的立项基本无门槛，只要企业内部管理层认可就可立项。而税法规定的税前可加计扣除的项目，仅限于企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》研究开发活动。
　　第三，申请研发费用加计扣除必须把握3个环节。根据规定，企业享受研究开发费用税前加计扣除政策一般包括项目确认、项目登记和加计扣除3个环节。具体地说，项目确认环节指企业研究开发的项目需向政府(省辖市、县及县级市)以上科技部门或经信委申请项目确认，政府科技部门或经信委进行审核并出具《企业研究开发项目确认书》后，由政府科技部门或经信委等部门连同申请资料一同提交同级主管税务机关;项目登记环节指税务机关取得《企业研究开发项目确认书》后，对无异议或不予登记的项目，向企业出具《企业研发项目登记信息告知书》，告知项目登记号或不予登记的原因;加计扣除环节指已取得税务机关登记并发放《企业研究开发项目登记信息告知书》的企业，享受研究开发费用加计扣除时，应在企业所得税年度纳税申报前按规定进行备案。在企业所得税年度纳税申报时，企业对已经登记的研发项目所发生的研发费用享受税法规定加计扣除优惠政策。
　　第四，注意报送相关涉税资料的要求。根据规定，对企业申报研究开发费用加计扣除的资料包括：税务机关发放的《企业研究开发项目登记信息告知书》，《研究开发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》，《研究开发费用支出明细表(委托开发项目填报)》;如果是集中开发项目，需同时报送研究开发费决算表、费用分摊表和实际分享收益比例等资料;还有具有资质的中介机构出具的专项鉴证报告。
　　第五，注意汇缴申报的纳税调整。企业实际发生的研究开发费用，在年度中间预缴申报时，允许据实扣除，在报送税务机关备案确认后进行年度汇缴申报时，才能对符合税法要求的研发费进行加计扣除，调减当期应纳税所得额。因此，纳税人在预缴申报时不得自行加计扣除。若纳税调整后的所得小于零，其因享受加计扣除而形成的亏损额或扩大的亏损额，可以按税法规定在其后的5年内进行弥补。