准确确定清算单位(项目)是土地增值税清算工作的关键环节。清算单位确定不同，会导致不同的清算结果。笔者根据文件出台的时间顺序，解析相关政策如下。

　　计算单位
　　土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本核算项目或核算对象为单位计算
　　土地增值税暂行条例实施细则第八条：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。
　　《房地产开发企业财务制度》：房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象分为土地开发、房屋开发、配套设施开发、代建工程开发四类。以上四类核算项目或核算对象划分作为土地增值税清算单位来计算土地增值税，可以整体项目来计算土地增值额、增值率和土地增值税额，以实现税负的正负相抵。

　　清算单位
　　土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算
　　《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第一条：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。对于土地增值税清算单位中，所称单位，指根据土地增值税清算工作的需要，按项目开发情况划分的，应作为单独鉴证对象的单项工程或单位工程。

　　计算方法
　　对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额
　　《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号)：对纳税人既建普通住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用土地增值税暂行条例第八条(一)项的免税规定。
　　实际工作中，有些房地产开发企业的清算项目包括普通住宅和非普通住宅，能够单独计算两者的增值额却不愿意进行这项工作，放弃普通住宅免税的待遇，而希望将项目合并计算增值额。这往往出现在普通住宅出现负增值，而非普通住宅出现较大增值的情况下，普通住宅的免税条款失去了意义，如果合并计算增值额，还能正负相抵，项目的整体税负得以降低。
　　财税字〔1995〕48号文件要求以开发项目为清算单位，只是强调将普通住宅、其他房地产项目划分来分别核算增值额。对于纳税人来说，在1995年5月25日之后清算的如果没有分别核算，只是不能享受免税政策，而分与不分，由纳税人自定。
　　《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税〔2006〕21号)：纳税人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，应分别核算土地增值额。此文件强调普通住宅与其他商品房必须分别核算，如果不分开，税务机关有权进行调整。因此，对在2006年3月2日之后清算的房地产，纳税人必须分别核算普通住宅和其他商品房的土地增值额。

　　风险提示
　　《土地增值税清算管理规程》(国税发〔2009〕91号)第十七条规定，清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算;对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算;对不同类类型房地产是否分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税。
　　在土地增值税清算过程中，对于清算单位的确定存在争议。一种观点认为，应按照房地产开发项目为单位;另一种观点则认为，应按房地产开发项目内的不同类型房地产分别作为清算单位。在国税发〔2009〕91号文件发布之前，大部分地方涉及土地增值税的有关文件都没有对房地产进行类型划分。目前，房地产经营的主要产品类型有住宅(普通住宅、非普通住宅、高级公寓、别墅)、商业房地产(写字楼、旅馆、商店、酒店、银行等进行经营性服务行业所使用的房屋)、工业房地产(厂房、仓库、实验室和配套服务用房)、旅游房地产(公园、风景名胜、历史古迹、沙滩、高尔夫球场等休闲娱乐场所和用房)、农业房地产(农场、林场、牧场、果园等)和特殊房地产(政府机关办公楼、学校、教堂、寺庙、墓地等)。国税发〔2009〕91号文件发布后，强调在以开发的房地产项目及分期项目大层次划分为清算单位的前提下，对同一项目或多个项目不同类型的房地产子项目必须分别计算增值额、增值率和增值税额，改变了原来计算土地增值税先整体后分摊的计算方法。纳税人在清算时应注意这一变化。