一、增值税税控系统专用设备和技术维护费用年报填报问题
　　根据《财政部关于印发营业税改征增值税试点有关企业会计处理规定的通知》(财会[2012]13号)第四点“增值税税控系统专用设备和技术维护费用抵减增值税额的会计处理”：
　　(一)增值税一般纳税人的会计处理：按税法有关规定，增值税一般纳税人初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费允许在增值税应纳税额中全额抵减的，应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，用于记录该企业按规定抵减的增值税应纳税额。
　　企业购入增值税税控系统专用设备，按实际支付或应付的金额，借记“固定资产”科目，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费——应交增值税(减免税款)”科目，贷记“递延收益”科目。按期计提折旧，借记“管理费用”等科目，贷记“累计折旧”科目;同时，借记“递延收益”科目，贷记“管理费用”等科目。
　　企业发生技术维护费，按实际支付或应付的金额，借记“管理费用”等科目，贷记“银行存款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费——应交增值税(减免税款)”科目，贷记“管理费用”等科目。
　　(二)小规模纳税人的会计处理：按税法有关规定，小规模纳税人初次购买增值税税控系统专用设备支付的费用以及缴纳的技术维护费允许在增值税应纳税额中全额抵减的，按规定抵减的增值税应纳税额应直接冲减“应交税费——应交增值税”科目。
　　企业购入增值税税控系统专用设备，按实际支付或应付的金额，借记“固定资产”科目，贷记“银行存款”、“应付账款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“递延收益”科目。按期计提折旧，借记“管理费用”等科目，贷记“累计折旧”科目;同时，借记“递延收益”科目，贷记“管理费用”等科目。
　　企业发生技术维护费，按实际支付或应付的金额，借记“管理费用”等科目，贷记“银行存款”等科目。按规定抵减的增值税应纳税额，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“管理费用”等科目。
　　“应交税费——应交增值税”科目期末如为借方余额，应根据其流动性在资产负债表中的“其他流动资产”项目或“其他非流动资产”项目列示;如为贷方余额，应在资产负债表中的“应交税费”项目列示。
　　税法对抵减的增值税额未予明确规定是一次性确认收入，还是递延确认收入，按惯例则是遵循会计处理方法。
　　综上，“增值税税控系统专用设备和技术维护费用抵减增值税额”在税收处理上和会计处理上无差异，年度申报时无需纳税调整。所以在年报附表三《纳税调整项目明细表》第11行“确认为递延收益的政府补助”不作反映。

　　二、金融企业预提贷款利息收入年报填报问题
　　根据新会计准则，按照权责发生制原则，金融企业应当预提当年最后一个结息日的次日至年末的贷款利息收入计入当年利润。
　　而根据《关于金融企业贷款利息收入确认问题的公告》(国家税务总局公告2010年第23号)的规定，按贷款合同确认的利率和结算利息的期限计算利息，并于债务人应付利息的日期确认收入的实现。
　　由于会计上和税收上对金融企业贷款利息收入的确认时间不完全一致，年度企业所得税汇算清缴时需作纳税调整：金融企业预提的当年最后一个结息日的次日至年末的贷款利息收入应作纳税调减，填在年报附表三《纳税调整项目明细表》第5行“未按权责发生制原则确认的收入”第四列“调减金额”;同时上一年度预提的该年度最后一个结息日的次日至该年度年末的贷款利息收入应作纳税调增，填在年报附表三《纳税调整项目明细表》第5行“未按权责发生制原则确认的收入”第三列“调增金额”。
　　填报说明：第5行“4.未按权责发生制原则确认的收入”：填报纳税人会计上按照权责发生制原则确认收入，但按照税收规定不按照权责发生制确认收入，进行纳税调整的金额。
　　季度申报时按企业的会计利润预缴企业所得税，对于金融企业预提的贷款利息收入的税会差异，一般不作纳税调整。

　　三、民政福利企业增值税即征即退返还税款年报填报问题
　　民政福利企业增值税即征即退返还税款，填在年报附表三《纳税调整项目明细表》第19行“18.其他”第四列“调减金额”。(仅适用于民政福利企业)

　　四、在同一纳税年度内，企业既有所得税应税项目，又有减免税项目且免税所得为负数时年报填报问题
　　根据《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》(国税函[2010]148号)规定“对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损;当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补”。同一减免税项目(含减免税期满恢复征税)的不同年度盈利与亏损可按规定相互弥补。在目前的报表体系和申报系统中，上述政策无法通过技术手段来实现，如遇到这种情况，主管税务机关可以通过建立辅助账的方式加以解决。
　　无期限的免税项目的亏损因其以后年度不征税，不存在其后弥补问题;如果免税项目以后年度因政策或条件变化等原因，变为应税项目，则通过建立辅助账的方式用以后年度应税项目所得来弥补。
　　例：企业当年利润总额为-30万元，其中应税项目所得为50万元，免征项目所得为-80万元，则当年应纳税所得额为50万元。但由于在申报系统中纳税调整减少额中的免税项目所得无法填列负值(最小只能填零)，造成应纳税所得额的数值与利润总额一致，均为亏损50万元。此种情况会造成企业少缴企业所得税。如遇到这种情况，先在本年年报附表三《纳税调整项目明细表》第54行“其他”作“纳税调增80万元”，同时反映在年报主表《中华人民共和国企业所得税年度纳税申报表(A类)》第14行“加纳税调整增加额80万元”;这样解决了当年应税项目所得的应缴纳的应纳税所得税额。

　　五、集成电路设计企业和符合条件软件企业的职工培训费用与职工教育经费年报填报问题
　　集成电路设计企业和符合条件软件企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2.5%的部分，准于在税前扣除，超过部分，准于在以后纳税年度结转扣除;企业的职工培训费用应单独进行核算并按实际发生额在计算应纳税所得额时扣除。在填报年报附表三《纳税调整项目明细表》第24行“职工教育经费支出”第一列帐载金额栏要求按企业会计科目“职工教育经费”剔除其中的“职工培训费用”部分填列。(仅适用于集成电路设计企业和符合条件软件企业)

　　六、跨地区经营建筑企业所得税年报填报问题
　　根据国税函[2010]156号和国家税务总局公告2012年第57号的规定：
　　建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。该项目部不参加建筑企业的年度所得税汇算清缴。
　　(一)建筑企业总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳并进行汇算清缴。
　　(二)建筑企业总机构只设二级分支机构的，按照国家税务总局公告2012年第57号规定计算总、分支机构应缴纳的税款并进行汇算清缴。
　　(三)建筑企业总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国家税务总局公告2012年第57号规定计算总、分支机构应缴纳的税款并进行汇算清缴。

　　七、在中国境内跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失申报问题
　　(一)分支机构发生的资产损失，除应按专项申报的有关规定，向总机构和当地主管税务机关申报外，各分支机构还应向总机构上报清单申报，同时留存相关资料备查;
　　(二)总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单形式留存相关资料备查
　　(三)总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。

　　八、跨地区二级分支机构年报申报问题
　　跨地区二级分支机构年报申报在网厅申报模块开发测试完成前，暂定在征收大厅申报。

　　九、小型微利企业预缴企业所得税填报问题(季报)
　　根据《国家税务总局关于小型微利企业预缴企业所得税有关问题的公告》(国家税务总局公告[2012]14号)第一条规定：上一纳税年度年应纳税所得额低于6万元(含6万元)，同时符合《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十二条规定的资产和从业人数标准，实行按实际利润额预缴企业所得税的小型微利企业(以下称符合条件的小型微利企业)，在预缴申报企业所得税时，将《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表〉等报表的公告》(国家税务总局公告2011年第64号)中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)第9行“实际利润总额”与15%的乘积，暂填入第12行“减免所得税额”内。第四条规定：纳税年度终了后，主管税务机关应核实企业纳税年度是否符合上述小型微利企业规定条件。不符合规定条件、已按本公告第一条规定计算减免企业所得税预缴的，在年度汇算清缴时要按照规定补缴企业所得税。
　　根据《国家税务总局关于小型微利企业所得税预缴问题的通知》(国税函[2008]251号)第一条要求，上一纳税年度年应纳税所得额大于6万元，不超过30万元，同时符合《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十二条规定的资产和从业人数标准，实行按实际利润额预缴企业所得税的小型微利企业(以下称符合条件的小型微利企业)，在预缴申报企业所得税时，将《国家税务总局关于发布〈中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表〉等报表的公告》(国家税务总局公告2011年第64号)中华人民共和国企业所得税月(季)度预缴纳税申报表(A类)第9行“实际利润总额”与5%的乘积，暂填入第12行“减免所得税额”内。纳税年度终了后，主管税务机关应核实企业纳税年度是否符合上述小型微利企业规定条件。不符合规定条件、已按本公告第一条规定计算减免企业所得税预缴的，在年度汇算清缴时要按照规定补缴企业所得税。
　　根据以上规定，符合条件的小型微利企业在季度申报时享受上述优惠的前提是该企业已经完成上一纳税年度的企业所得税汇算清缴。