根据《土地增值税暂行条例》第三条规定，土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和条例规定的税率计算征收。土地增值税的计算公式应为：应纳税额=∑(每级距的土地增值额×适用税率)。在实际的工作中，土地增值税应纳税额的计算方法应该分为以下五种：查账计征法、预征计征法、评估价计征法、发票抵扣计征法和核定计征法。《土地增值税暂行条例》第九条规定，纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收：(一)隐瞒、虚报房地产成交价格的;(二)提供扣除项目金额不实的;(三)转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。

对于用房地产评估价格计算土地增值税方式，纳税人需注意以下三个要点。

评估收入与评估扣除项目金额采用的方法不同

《土地增值税暂行条例实施细则》第十四条规定，《土地增值税暂行条例》第九条(一)项所称的隐瞒、虚报房地产成交价格，是指纳税人不报或有意低报转让土地使用权、地上建筑物及其附着物价款的行为。第九条(二)项所称的提供扣除项目金额不实的，是指纳税人在纳税申报时不据实提供扣除项目金额的行为。第九条(三)项所称的转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由，是指纳税人申报的转让房地产的实际成交价低于房地产评估机构评定的交易价，纳税人又不能提供凭据或无正当理由的行为。隐瞒、虚报房地产成交价格，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。税务机关根据评估价格确定转让房地产的收入。提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的，由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入。

可见，按照房地产评估价格计算征收土地增值税时评估房地产转让收入采用的是市场比较法评估的房地产交易价格，评估扣除项目金额采用的是重置成本法评估的房屋成本，两种方法在评估原理上有着本质的区别。

举例说明，某工业企业转让一幢20世纪90年代建造的厂房，当时造价100万元，无偿取得土地使用权。如果按现行市场价的材料、人工费计算，建造同样的房子需600万元，该房子为7成新。该企业已按500万元出售价格向税务机关申报土地增值税。但税务机关参照同类房地产的市场交易价格进行评估该企业转让房地产的评估价格应为800万元。其他因素暂不考虑。则：(1)房地产转让收入为按市场交易价格进行评估的价格800万元;(2)扣除项目为按重置成本法评估的价格=600×70%=420(万元);(3)增值额=800-420=380(万元);(4)增值率=380÷420×100%=90.48%;(5)应纳税额=380×40%-420×5%=131(万元)。

房价地价分别填报

《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]048号)第十条规定，转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。综上所述，在计算旧房转让土地增值税时，不仅要注意旧房及建筑物的评估价格须经当地税务机关确认，而且要注意取得土地使用权所支付的地价款是扣除项目中与评估价格并行的项目。也就是说旧房及建筑物的评估价格中不包含取得土地使用权所支付的地价款。

评估费用可否扣除

财税字[1995]048号文件第十二条规定，纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算增值额时予以扣除。对《土地增值税暂行条例》第九条规定的纳税人隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。

此外，需要明确的是，财税字[1995]048号文件第十一条规定，对于个人购入房地产再转让的，其在购入时已缴纳的契税，在旧房及建筑物的评估价中已包括了此项因素，在计征土地增值税时，不另作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除。

注意其他税金的扣除

《营业税暂行条例》第七条规定，纳税人提供应税劳务、转让无形资产或者销售不动产的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其营业额。《营业税暂行条例实施细则》第二十条规定，纳税人有条例第七条所称价格明显偏低并无正当理由的，按下列顺序确定其营业额：(一)按纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格核定;(二)按其他纳税人最近时期发生同类应税行为的平均价格核定;(三)按下列公式核定：营业额=营业成本或者工程成本×(1+成本利润率)÷(1-营业税税率)。公式中的成本利润率，由省、自治区、直辖市税务局确定。《国家税务局关于印花税若干具体问题的规定》(国税地字[1988]025号)第九条规定，依照《印花税暂行条例》规定，纳税人应在合同签订时按合同所载金额计税贴花。可见，纳税人出现《土地增值税暂行条例》第九条规定的“隐瞒、虚报房地产成交价格的”或“转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的”两种情形而按照房地产评估价格计算征收土地增值税时，扣除项目中的与转让房地产有关的营业税要按上述方法确定营业额计算，印花税应按双方签订的产权转移书据所载金额计税。

例：某房地产开发公司于2009年月10月向某商业企业(关联企业)出售A办公楼，售价为300万元。同年12月，该房地产开发公司向某集团总公司出售B办公楼(与A办公楼属于同一期的开发产品，其开发成本基本相同)，售价为600万元。则该房地产产开发公司在就A办公楼转让收入向当地税务机关申报计算缴纳土地增值税时，扣除项目中的与转让房地产有关的税金：营业税为600×5%=30(万元)，城建税为30×7%=2.1(万元)，教育费附加为30×3%=0.9(万元)。