2009年3月，四川省宜宾市公安局在查处一起举报当地某煤矿企业涉嫌虚开增值税专用发票案时，发现其增值税专用发票的开票方是云南省裕华公司，随即通过四川省公安厅向云南省公安厅进行了情况通报。
　　2009年10月，云南省公安厅转交昆明市公安局，对裕华公司进行检查并请昆明市国税局稽查局配合参加案件的前期检查工作。2010年4月，昆明市国税局稽查局正式立案，对裕华公司进行检查。5月31日，云南省国税局成立了“5·31”专案组，部署在云南省内进行全面检查。
　　2010年3月，贵州省黔西南布依族苗族自治州国税局稽查局根据群众举报，对贵州省顶效经济开发区翔实煤焦有限公司进行检查，发现该公司取得云南省裕华公司的增值税专用发票的货物名称都发生了变造，属于取得虚开的增值税专用发票。随后，黔西南布依族苗族自治州国税局向当地政府、公安部门进行了案情通报，得到了地方政府的大力支持，并指示公安和税务机关共同成立“5·25”专案组，对裕华公司开具给贵州省境内的增值税专用发票进行排查，并对涉案企业进行检查。
　　2010年7月，该案被列为国家税务总局和公安部联合督办案件，统称“南疆税案”。
　　经查，作为该案开票方的裕华公司成立于1993年6月16日，法定代表人为朱加林（曾用名王加林），注册资本1000万元。1994年被认定为增值税一般纳税人，经营范围包括能源材料和机械电子设备的批发零售、汽车货物运输服务，实际经营各种型号的钢材批发零售和洗精煤的批发业务。作为该案受票方的翔实公司成立于2000年5月，属增值税一般纳税人，法定代表人为张和强。主要经营范围包括煤炭、焦炭、矿产品、代办公路铁路运输服务。
　　四川、云南、贵州等3省国税局稽查局根据国家税务总局的要求，成立专案组对涉案企业和人员进行全面查处。
　　四川省国税局稽查局与公安机关成立专案组，对主要涉案人员刘某（中间人）进行搜查，查获其保存的部分已开好的增值税专用发票（裕华公司开具的）和买票方邮寄过来的税务登记证、工商营业执照复印件等开具增值税专用发票所需要的资料。根据相关线索，专案组对其他涉案人员进行了抓捕，并对涉案的11户企业进行检查。经过专案组努力，查补税款、滞纳金、罚款及没收非法所得共计276万元，起诉19人，其中5人被判处3年~7年有期徒刑。
　　经查，2008年10月~2010年5月期间，翔实公司等21户企业取得裕华公司开具的增值税专用发票598份，其抵扣联、发票联所附清单货物名称与存根联、记账联所附清单货物品名不符，抵扣联、发票联所附清单货物品名为煤炭产品，存根联、记账联所附清单货物品名为钢材产品。贵州省专案组对省内21户涉案企业进行了查处，查补入库税款、滞纳金2044万元。移送司法机关立案查处8户，其中6户已经法院审判，11人被判处4年~15年有期徒刑。
　　云南省国税局稽查局对裕华公司等进行了全面检查。经查实，裕华公司主要存在以下违法事实：
　　裕华公司向云南省曲靖市宏利煤焦运销有限责任公司、贵州省顶效经济开发区翔实煤焦有限公司等485户受票企业开具增值税专用发票3815份，涉及金额31.1亿元，税额5.27亿元。已查实为虚开增值税专用发票，其中：省内受票企业共计195户，涉及增值税专用发票1964份，金额16.56亿元，税额2.82亿元；省外受票企业共计290户，涉及增值税专用发票1851份，金额14.45亿元，税额2.46亿元。
　　裕华公司销售部分钢材未按实际销售金额全额开具增值税专用发票，少记销售收入，少缴增值税；部分销售单未开票未申报收入，少缴增值税；未按规定开具运输发票，未记价外费用，少缴增值税；销售货物收取的吊装费未视为价外费用，少缴增值税；购进煤炭发生非正常损失未转出进项税额；取得不符合规定的铁路货票，造成多抵扣进项税额；取得虚开、未按规定开具的公路运输发票，应作进项税额转出等问题。以上问题共涉及少缴增值税7226.75万元。
　　除裕华公司外，云南省国税局专案组对全省1503户受票企业进行了检查，其中调账检查108户，采取税收保全措施13户，保全金额768.91万元。
　　云南省国税局专案组在对“南疆税案”涉案企业查处中，共追缴入库税款9163.31万元，滞纳金1723.95万元，罚款34.88万元，合计10922.14万元。全省公安机关已立案侦查企业37户，刑事拘留相关人员4人，批捕逮捕19人，网上追逃5人，取保候审10人，监视居住11人，扣押车辆2辆，冻结相关涉案企业及人员银行存款等4648.04万元，已移送检察机关审查起诉9件，起诉27人。
　　向省外发出的《已证实虚开通知单》，目前已收到反馈1072份，涉及147户。追缴入库增值税4400.22万元，滞纳金20.15万元。移送司法机关并已审判10人，判处罚金185万余元。
　　昆明市中级人民法院对裕华公司违法事实依法作出了判决，认定其虚开增值税专用发票事实成立。该公司虚开增值税专用发票1132份，涉及金额10.38亿元，税额1.77亿元，判处罚金6000万元，判处法定代表人朱加林有期徒刑15年，其他人员判处3年~14年有期徒刑。